1949年1月21日，蒋介石在李宗仁、白崇禧、阎锡山等派系联合打压下，力不能支，乘“美龄”号专机飞离南京抵达杭州，发表“引退公告”，宣布由副总统李宗仁代理总统，与共产党进行“和平谈判”。此后，蒋躲在老家溪口母墓旁之“慈庵”，韬光养晦，并以国民党总裁的身份暗中操纵军政大局，指挥军队继续与解放军抵抗。
1月22日，驻守北平的傅作义正式宣布《关于和平解放北平问题的协议》公告，北平城内25万余国民党军移出城外，开至指定地点听候解放军改编。
整个平津战役国民党军队损失52万人，解放军伤亡3。9万人。
此前两日，即1月20日，中共中央电贺淮海战役胜利结束，经毛泽东修改定稿的电报中称：
现在南京城内尚有头等战犯及其他罪大恶极的帮凶们，例如胡适、郑介民、叶秀峰等人。到了1月26日，延安电台广播说：“对于去年十二月二十五日中共权威人士所提出的战争罪犯的初步名单，有人感觉名单遗漏了许多重要战犯，例如军事方面的朱绍良、郭忏、李品仙、董钊、陈继承、张镇；政治方面的谷正纲、徐堪、俞大维、洪兰友、董显光、刘健群；党特方面的邓文仪、黄少谷、陈雪屏、贺衷寒、张道藩、蒋经国、郑彦棻、郑介民、叶秀峰；反动小党派方面的左舜生、陈启天、蒋匀田。许多学生和教授们认为名单中应包含重要的战争鼓吹者胡适、于斌和叶青。”从这个广播可以看出，此时的胡适由罪大恶极的“帮凶”，已晋升为重要“战犯”，而傅斯年似乎成为漏网之鱼。
眼看长江以北精华之地尽失，国民政府代总统李宗仁决定立即派代表赴北平与中共进行谈判，展开旨在保住江南半壁江山的和平攻势。为加强社会各界力量的和谈砝码，李宗仁专门向已赴台湾的“漏网之鱼”傅斯年发电，希望傅能拿出翻江倒海的本领助自己一臂之力，尽快达到“和平之目的”。但此时的傅斯年对国共和谈已不抱任何希ｉb?望，予以谢绝。在致李宗仁信中，傅斯年以他一贯的作风和政治立场，直言不讳地表达了对时局的看法： 德邻先生赐鉴：
前奉复电感佩之至，我公以民生为念，倡导和平，凡在国人，同声感荷，然共产党之行为，实不足以理喻。共产党本为战争党，以往尚如彼好战，今日走上风，实无法与之获得和平，今看共产党态度，下列数事至为明显：
1。分化敌人，彻底消灭中央政权，只与地方谈和，以实行其宰割之策，绝不以人民为念。
2。绝对走苏俄路线，受苏俄指挥，而以中国为美苏斗争中之先锋队。
3。对多年掌兵符者，必尽量摧毁，介公固彼所不容，而我公及健生宜生诸先生，彼亦一例看待，即我们读书人，不受共产党指挥者，彼亦一样看待也。
在此情形之下，中央倡导和平，忍辱负重，至矣尽矣，受其侮辱亦无以复加矣，凡此情形可以见谅于国人矣。乃共产党既如此，则和平运动恐须适可而止矣。盖如文伯、力子、介侯诸先生之办法，和平既不可得，所得乃下列之结果：
1。江南各省分崩离析，给共产党以扩张势力以方便，而人民亦不能减少痛苦。
2。合法政权既已大明，则权衡轻重，恐须即为下一步之准备，力子、文伯之谈和平，毫无办法。只是投降而已；偏偏共产党只受零星之降，不受具体之降，不知张、邵、甘诸公作何解也？
3。大江以南之局势，如不投降，尚有团结之望（至少不是公开之纷争），如走张邵路线，只有全部解体而已。只要合法之政权不断气，无论天涯海角，支持到一年以上，将来未必绝无希望也。司徒大使实一糊涂人，傅泾波尤不可靠，彼等皆不足代表美国，今日希望以美国之助，与共产党取和乃绝不可能之事也。
傅斯年这一与中国共产党决绝的强硬态度，并不是一时兴起的妄言，实与他一贯的政治主张相吻合，同时也是胡适对中国共产党态度的呼应。早在1947年1月15日，傅斯年应蒋介石之约共进午餐，席间蒋提出让胡适组党并出任国民政府委员兼考试院长，一并请傅帮助说服胡。傅斯年当场予以回绝，谓：“政府之外应有帮助政府之人，必要时说说话，如皆在政府，转失效用；即如翁咏霓等，如不入党，不在政府，岂不更好？”又说：“自小者言，北大亦不易办，校长实不易找人，北大关系北方学界前途甚大。”如此谈了许久。蒋一直未放松，傅只好答应写信通知胡，详述其“这一番好意”。2月4日，傅斯年致信胡适说明原委，信中说：
适之先生：
不大不小之病三个星期，发烧到39.8，而蛋肿得可怕，过旧历年即呻吟最甚时也。老天开这个玩笑，真恶作剧。昨晚出医院，传染期已过（入院原为避染他人），血压较平常为低（热病后之现象），仍在头晕。
病发作在1月15日，是日中午蒋先生约去吃饭（前约一次，因他约未去），座中无他人。他问我意见，我说了好些