坐上台大校长交椅的傅斯年，再度“聊发少年狂”，施展出当年敢打硬冲，“凡事先骑上虎背”的本领，对台大积习实实在在地来了一番大刀阔斧的改造，不论是通过谁的条子和门路，后台有多硬，凡不合学术水准，滥竽充数的教授，全部驱逐出校门。校内职员，特别是原“帝大”时遗留的医务人员，凡无医疗常识，不知救死扶伤为何事，只想自己的薪水待遇者，一律解聘。未出几个月，傅斯年抡圆了手中的权力之刀，如同切西瓜一样“稀里咔嚓”，将七十余名不合格教授与职工切掉，赶出校园。自此，台大面貌为之一新，形成了一个蓬勃向上的局面。许多年后，无论是傅的追捧者还是被赶走的对立面，在回忆这段往事之际，都不得不承认，假如没有傅斯年，台湾大学在那样动荡的时局中，想要在短时间中迅速崛起，奠定一个现代大学的基础，确是难以想象和不可能的。据陈雪屏回忆，傅赴台时健康情形已很是令人担忧，“但他一方面心忧大局，同时锐志要把台大建设成一个够世界水准的学府，殚精竭虑，竟无一刻的轻松”。也正由于世事纷乱与劳累过度，导致傅斯年英年早逝。
傅在台大的改革使一部分人为之叫好欢呼的同时，自然触及了许多权贵者的利益，令对方极为不快和恼怒。当时台大师生反对国民党腐败无能，以权谋私等令人激愤的丑行，学潮一浪高过一浪，而傅的对立面借学潮运动趁机发难。有国民党政客在报纸上发表致傅斯年的公开信，指责台湾大学优容共产党，并指名道姓地说法学院院长萨孟武“参共亲共”，某某院长、系主任是“共产党分子或参共分子，他们把持院系，排除异己”，把各院系变成培植亲共势力的温床等，企图置傅氏于不忠、不孝、不仁、不义的绝地。
傅斯年对台大师生特别是台湾一帮闹独立的土著反蒋倒蒋活动一直深恶痛绝，对学生中有真凭实据的共产党员亦不宽容，每有发现均严惩不贷，其态度与他处理西南联大学潮时并无二致，曾不止一次地喊出了“让布尔什维克滚出台大！”的响亮口号。但他同时认为，如没有真凭实据，当局不能肆意进入校园在师生中搜查，更坚决反对随意指责他人为共产党。当年西南联大爆发学潮，并闹出了人命，他在致俞大綵的信中谓西南联大学潮“地方当局荒谬绝伦，李宗黄该杀，邱清泉该杀”等便是他做人处世的主张与原则。
正是缘于这一指导思想，傅斯年读了报上对台湾大学师生的指责后，既恼又怒，毫不顾及地以“他妈的！”开骂起来，而后采取以牙还牙的战略进攻态势，在报上两次发表措辞强硬的檄文予以反击：“学校不兼警察任务”，“我不是警察，也不兼办特工”，“若当局有真凭实据说某人是共产党，我将依法查办，但是我办理这种事，决不能含糊其辞，血口喷人”。最后声明：“反共须有反共的立场，贪官污吏及其他既得利益阶级而把事情办坏了的，我不能引以为同志。”傅氏声色俱厉与咄咄逼人的态势，令对方不得不暂时退却，伺机而动。
机会很快到来，1949年3月底，台湾省立师范大学与“国立台湾大学”学生联合闹将起来，并且高呼中国大陆的学运口号：“反内战、反饥饿、反迫害”等，引发当局的严重关切，认为台湾校园确实受到共产党的统战与渗透，必须捉拿主谋分子，给予严厉惩治。台湾省主席兼警备总司令陈诚，命令警备副总司令彭孟缉率部缉拿。4月6日，台北大批军警按预定计划闯入校园欲开杀戒，傅斯年对当局不经法律程序的进入台大校园内逮捕师生表示不满，亲自找国民党最高当局交涉，要求逮捕台大师生必须经过校长批准。傅对前往执行任务的彭孟缉道：“我有一个请求，你今天晚上驱离学生时，不能流血，若有学生流血，我要跟你拼命！”彭孟缉禁于傅的气势，不敢造次，遂当场保证：“若有人流血，我便自杀。”未久，台大被捕的学生多数放回，而师范学校不但近百名学生被送进监狱，还有7名学生以反革命罪名被枪杀。事件过后，省立台湾师大受到了停课整顿，师生重新登记并接受军训、校园戒严等惩处。而国立台湾大学虽受波及，但比之师大要好得多，此皆得益于傅斯年竭力庇护、斡旋之功。许多年后，台湾师大师生还就这次事件与台大相比，并大骂当年的学校领导者软弱无能，几乎就是一文不值的臭狗屎一堆，而对傅斯年夸赞不绝。
1950年新生入学考试，国文卷由傅斯年亲自命题，其最重要的一题摘自《孟子·滕文公下》中一段：
居天下之广居，立天下之正位，行天下之大道。得志，与民由之；不得志，独行其道。富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈，此之谓大丈夫。
此题可视作傅斯年赴台后“虽千万人吾往矣”的心志独白，也是对台大学生精神层面上的心灵寄托。
这年1月，风浪再起，校外校内传言傅斯年“将去国，将辞职”。针对传言，傅氏在23日的校刊上发表了《致台大同事同学》公开信，信中说：“半年多来，校外攻击斯年者，实不无人，彼等深以不能以台大为殖民地为憾。然彼等原不知大学为何物，故如遂其志，实陷