胡思杜自杀44天后的1957年11月4日，经台湾当局“中央研究院”选举，由蒋介石任命胡适为“中央研究院”院长。大陆批胡运动与台湾政治集团的内部倾轧，阴差阳错地使渐入老境的胡适又得到了一次出头的机会。
1958年4月2日，68岁的胡适告别夫人江冬秀离开纽约办理私务，8日乘机独自一人飞抵台北，时已定居台北的胡祖望夫妇、孙子胡复，连同台湾当局要员等500多人到松山机场迎接，场面颇为壮观。
4月10日上午9时，装扮一新的胡适来到南港史语所考古馆出席“中央研究院”院长就职典礼并发表演说。胡称自己几十年来与“中央研究院”一直保持亲切关系，因为不仅自己是“中央研究院”历史语言研究所的通讯研究员，也因为“中央研究院”是许多老朋友心血的结晶，自己对它有不可推卸的责任云云。就职典礼结束后，旋即召开研究院第三次院士会议，以壮声势。为显示对学术界的尊重并给胡适装点面子，蒋介石携“副总统”陈诚、张群等一干大员专程赶到南港，亲自出席院士会议并致辞。蒋介石认为，既然“中央研究院”为学术之最高机构，当责无旁贷地担负起复兴民族文化的大任，认为“目前大家共同努力的唯一工作目标，为早日完成‘反共抗俄’使命，如果此一工作不能完成，则吾人一切努力均将落空，因此希望今后学术研究，亦能配合此一工作来求其发展”。蒋氏在讲到胡适“最令人敬佩者即为其个人之高尚品德”后，话锋一转，再度将学术研究与政治联系起来，谓：
今日大陆上“共匪”以仇恨与暴力，为其一切倒行逆施之出发点，其目的在消灭我国家之传统历史与文化，而其重点则为毁灭我民族固有之伦理与道德，因此胡适先生之思想及其个人之德性，均不容于“共匪”，而必须予以“清算”，即为“共匪”摧毁我国伦常道德之一例……意想不到的是，蒋介石期望“教育界、文化界与学术界人士，一致负起恢复并发扬我国固有文化与道德之责任”的说辞，令身旁的胡适大为不快。特别是蒋不合时宜地提出“五四运动”与“打倒孔家店”有功有过，对胡适提倡的“五四价值”、“自由主义”等说辞，于褒中暗含了讥讽、挖苦，而对胡适与台湾岛上的雷震等辈搞出的《自由中国》杂志，且传言胡在台要组建一个“反对党”等名堂极不赞成。这一说辞搞得入会者如芒在背，惶恐不安，胡适原本笑容可掬的脸阴沉下来。
此前的胡适尽管在美国生活并不舒心，九年后又因各种风云交错重返台湾从国民党手中谋得一个响当当的铁饭碗，但他并不认为这个饭碗是蒋介石所赏赐便俯首听命，自轻自贱。待蒋介石讲完，梅贻琦向来宾作了一个简短的致辞后，已是闷气积胸，颇为恼怒的胡适在最后答谢词中，毫不客气地对蒋的言辞进行驳斥，据当时在场的“中央研究院”民族研究所青年才俊李亦园回忆说：
胡院长就职时蒋老总统特别亲自来了，来了之后还讲话，在他的讲话中不知为什么忽然说到共产党在大陆坐大可以说与五四运动的提倡自由主义不无关系，这样的说话对胡先生来说当然是非常尴尬的，因为五四运动跟他有密切的关系，他是重要的推动者。结果老总统讲完之后，胡先生站起来继续答话，他的答话让大家脸色都凝住了，他一开始就说：“总统你错了”，在当时那么威权的时代，他这样讲使全场的人脸色都变白了，气氛非常紧张，老总统却很有风度地主持完会议，只是在胡院长任内就未再来过南港了。这一件事，胡院长的表现可以说确实为中央研究院在追求学术自由与独立上树立了一个里程碑。
关于这一场景，当时也在现场的石璋如回忆稍有不同，石说：蒋介石那天讲了很久，场面热烈，胡院长一发言就说“总统你错了”，台下立即鼓掌。在座的学者们认为胡适是个有骨气、有担当的人，因为若不是胡适，在蒋介石面前“没有几个人敢说这句话的”。
胡适所说的“总统你错了”，主要是指不应把学术研究与政治捆绑在一起，“反共抗俄”的所谓“使命”，也不应由“中央研究院”这样的研究机构来承担。胡适说道：“我个人认为，我们学术界和‘中央研究院’挑起‘反共复国’的任务，我们做的工作还是在学术上，我们要提倡学术。”
面对蒋介石指责五四运动提倡自由主义与打倒孔家店的问题，胡适自是耿耿于怀，并予以反驳。胡说：“对于打倒孔家店一事，恐怕总统是误会了我的意思。我所谓的打倒，是打倒孔家店的权威性、神秘性，世界任何的思想学说，凡是不允许人家怀疑的、批评的，我都要打倒。”蒋介石一听其言，立即怫然变色，站起身便要走，坐在他旁边的一位随行官僚（一说张群，另一说陈诚），悄悄伸手拉住老蒋的衣角示意其坐下，蒋强按怒气勉强坐下，待典礼一结束便迅速离去。
遥想当年，胡适在一篇名为《介绍我自己的思想》一文中，曾向中国的少年读者宣称：“从前禅宗和尚曾说，‘菩提达摩东来，只要寻一个不受人惑的人。’我这里千言万语，也只是要教人一个不受人惑的方法。