曾昭燏血溅灵谷寺，撒手归天。继之而来的惨烈政治风暴，又将他的兄、嫂，连同近亲故旧、同事友好推向了烟雾迷蒙的鬼门关。
1964年7月7日，根据毛泽东提名，成立了一个由彭真、陆定一、康生、周扬、吴冷西组成，以“贯彻中央和主席关于文学艺术和哲学社会科学问题的批示”为职责的五人小组，这个小团体后来取名为“文化革命五人小组”。
1965年11月10日，上海《文汇报》登载姚文元《评新编历史剧＜海瑞罢官＞》一文，对明史专家、时任北京市副市长的吴晗进行公开批判。以这篇文章为标志，为期十年之久的“文化大革命”拉开了序幕。
1946年夏，西南联大结束后，吴晗携夫人袁震先抵上海，于8月返回北平清华园，住进了西院十二号。这个房子位于王国维当年居所的前一排，外观有点破旧，据说是供给四等教授居住的，但比起昆明的居住条件好多了，吴氏夫妇很是满意。据吴晗后来在《清华杂忆》一文中说：“就在这所房子里我度过了两年多黑暗的岁月。尽管外面的天是黑的，这所房子里却经常有明朗的笑声，热烈的争论。”吴氏心中的黑暗岁月，自是指国民党的统治。而所谓房子里的笑声和争论，则是吴回到北平后，与北平民盟的汪骏（汪行远）、沈一帆等人员接上头并建立了联络。未久，北平市民盟主要负责人刘清扬赴天津筹备河北省民盟组织，北平市民盟的工作便由吴晗主持，这是吴氏出任民盟党派方面大员的开始，也是接触中共高层步入仕途的转捩点。1947年初，表面上形成的国共和谈再度破裂，更大规模的血战即将爆发，以叶剑英为首的军调部中共代表团决定撤离北平。临别时，叶剑英、徐冰等在南弯子十三号吴昱恒（北平地方法院院长、民盟秘密盟员）家中，举行了一场民主党派负责人、知名人士告别宴会。到会的有吴晗、潘光旦、费孝通、许德珩、张奚若、陈垣、徐悲鸿、钱端升、张东荪等30余人，叶剑英、吴晗等在会上分别讲了话。会后，徐冰把一台收音机送给吴晗，以便让其能及时收到中共方面的广播，发动北平各大学师生配合中共的行动。吴晗先是把收音机放入几位盟员家中，派专人晚上收听广播，记录并油印出来，第二天秘密分发到民盟成员和一些师生手中。由于收音机要安装天线，很容易被国民党军警发现，三五天必须转移新的地方。有一个时期极度紧张，吴晗通过关系把收音机放在北大物理系的实验室中，才躲过军警耳目，收听与记录、油印等事宜方得以持续下去。
与此同时，吴晗利用清华大学教授身份，把自己的家变成一个秘密联络点，暗中与中共在北平的地下党员崔月犁、王冶秋、马彦祥等人联系，召开秘密会议。时王冶秋为国民党驻北平孙连仲司令部少将参议，根据中共指示，王与孙连仲手下的设计委员会副主任余心清一起，试图策反孙连仲反水倒戈，因中共设在北平的地下电台被国民党特工人员破获，抄去许多机密电文，王冶秋等策反之事败露，余心清首先被捕，而帮余向中共方面拍发电报的翻译员陈融生闻讯逃到吴晗家中，吴通过中共地下党员孙国良把陈秘密送往中共控制区。陈融生离去后，王冶秋又逃到吴晗家中，吴见事急，一时又不知如何是好。据王冶秋事后对夏鼐说，袁震见此情形果断地让吴脱下自己的衣服给王，吴犹豫不决。袁震竭力主张，且态度坚决，吴才脱下自己的衣服让王冶秋换上，然后把他送出清华园，经中共内线接应，王冶秋经天津转入河北中共实际控制区。新中国成立后，王氏担任国家文物局局长等职。
吴晗的一系列举动，引起了国民党军警注意，开始对其严密监视。1948年8月20日，北平军警包围了清华大学，欲逮捕“危害国家”的“共匪嫌疑分子”。吴晗自知难以逃脱，遂烧毁家中所藏的民盟与中共秘密文电，坐等被擒。由于清华大学校长梅贻琦出面在军警之间竭力斡旋，“嫌疑分子”全部疏散，吴晗和当时已入军警名单的所有人员无一被捕，但后来吴还是从清华园秘密出走了。
关于吴氏出走的经过，据当时的清华大学教务长吴泽霖回忆：1948年，国民党派了一个叫陈继承的人担任北平警备司令。此时北平局势已很紧张，陈继承经常找各个大学的校长、教务长、训导长到他家里去开会、吃饭，完了以后，总要对校负责人们说，学校里的学生闹得太厉害了，要求学校当局限制学生运动，并公开指责吴晗，说他在煽动学生闹事，要予以制裁。“有一次晚上邀请大家吃饭，北大有胡适、郑天挺，清华的有梅校长和我，师范大学有二位先生。陈继承很明白地讲，你们清华的吴晗闹得不像样吧，要约束他啦。当时，梅先生解释了一下，他是个读书人，也没什么，也做不了什么东西。在回来的路上，在汽车上我就跟梅先生谈，看样子恐怕吴晗有点不利了，怎么办？是不是应该保护他一下。他就说我马上就找他，找到后他说：‘吴先生，你得赶快走，晚了不行了。’怎么样给他安排的，那我就不知道了。不过具体安排要找他，让他早离开，是我参加了的。”
吴泽霖这个话当是事实或