杰弗里·梅斯接管神盾局的事情，只在美国政府高层有一些人知道，普通的民众对这一切根本毫无所知，甚至这几年的时间里，神盾局在科尔森的手里越发的低调，不少人甚至都已经忘记了这个组织。
至于杰弗里·梅斯是一名异人的事情，知道的人就更少了，尽管有不少人都知道他拥有超强的能力，但并不知道这是因为他成为了一名异人，更甚至于以一名异人的身份接管了神盾局。
当杰弗里·梅斯以神盾局局长的身份公开现世的时候，外界更是引起了一片哗然。
尤其是在他以神盾局的局长身份保证，最近的一系列断电事件都跟异人没有关系，做下这一起恐怖事件的是一个叫监察者的组织。
即便是如此，以纳迪尔议员为首的异人敌视派，依旧不停的对异人族进行抨击，哪怕是杰弗里·梅斯拿出缴获的电磁脉冲设备，但纳迪尔议员仍旧视而不见，她依旧将整体断电事件不停的扣到异人族的身上，甚至直接攻击神盾局，提醒他们神盾局曾经是九头蛇的傀儡，现在也已经成为了异人族的傀儡，这让梅斯很是恼火。
不过纳迪尔议员有句话的确说的没错，梅斯在某种程度上的确是一个傀儡，是科尔森的傀儡。
别看梅斯现在已经掌管了神盾局，接管了一切高层机密，但实际上科尔森的小队依旧在按照他们自己的方式处理的神盾局内外的一切，尤其是在梅斯还没有意识到的情况下，对神盾局内部再次展开了清查。
清查的结果很快就出来了，是有加密的第三方在设备收发信号的时候劫持了信息流，而一旦他们能够阅读这些信息流，那就意味着他们能够获得神盾局手里所有异人的情报信息，西蒙斯立刻对所有的异人发出了警告。
与此同时，科尔森也在继续调查那些鬼魂的事件，上一次行动的时候，他们伤及了梅琳达，最后导致西蒙斯不得不采取极度危险的手段，将梅琳达“死亡”了超过八分钟，才将她救了回来，从来摆脱了灵魂上的伤害。
对于上一次发生在动力新能源实验室的事件，科尔森在调查的时候发现，当年在动力新能源实验室工作的那些人基本上全部都消失了，除了两个人，一个这些年一直昏迷不醒，另外一个则因为攻击他人被关入了监狱。
这个人的名字叫做伊莱·莫洛，他曾经是动力新能源实验室的电气工程师，那个这些年一直昏迷不醒的家伙，就是他给揍的昏过去了，直到现在人也没苏醒过来。
科尔森试图从伊莱·莫洛的嘴里获得当年发生的事件经过，但是伊莱·莫洛对此却讳莫如深，半句话也不想谈，他直接拒绝了同科尔森继续谈话，重新回到了监狱里。
然而就是科尔森离开监狱，站在路旁同阿方索·麦肯锡谈话的时候，他们却发现了罗比·雷耶斯从他们的身边刚刚驶过，下一刻，两人便直接追了上去，毕竟不管怎么说，罗比·雷耶斯，现在是神盾局的通缉犯。
罗比·雷耶斯被科尔森逼入到了大桥底下，同时科尔森还在后面紧紧的追赶着，就在他准备继续加速的时候，就听见“砰”的一声，他的车子像是撞到了什么东西一样，一下子停了下来。
强烈的冲击让罗比·雷耶斯一下子撞在了方向盘上，下一刻，他整个人已经昏迷了过去。
罗比·雷耶斯撞上的，正是神盾局的开启了隐形反射板的昆氏飞机，用钛金合金支撑的昆氏飞机那里是他的那辆汽车能够比拟的，更何况开着车的他根本没有开启自己的特殊能力，在这种情况下，他根本来不及反应过来，就已经撞晕了过来，而等他苏醒过来之后，他人已经被关在了神盾局的隔离舱里。
不过为了表示诚意，也或许是因为之前罗比·雷耶斯是和斯凯在一起行动的，所以科尔森果断的将他从隔离舱里面放了出来，之后双方便展开了一番还算是坦诚的对话。
到了这个时候，科尔森才知道，伊莱·莫洛竟然是罗比·雷耶斯的舅舅，他这一趟来监狱也是找伊莱询问当年发生的事情的。
当年伊莱将负责动力新能源实验室的乔瑟夫·鲍尔给揍的昏迷了八年，而最近科尔森他们所遇到的那群厉鬼，全是当年参与实验，最后又失踪的了人，而为首的，正是乔瑟夫的妻子，露西·鲍尔博士。
乔瑟夫和露西是一个私有智囊团的项目带头人，负责新一代能源的开发，而他们需要一个人建造他们的设计，所以他们找到了伊莱·莫洛，更切实的说，是一个不会多说什么，也不会多问什么的人。
伊莱根据他们的设计图，建造了一个量子粒子发生器，是一台为了能够无中生有而建造的机器，而就是这么一个完全不符合物理规则的东西，而就是这么一个东西，最后直接发生了爆炸，除了乔瑟夫·鲍尔和伊莱·莫洛之外，几乎所有参与实验的人都失踪在那起爆炸里面。
伊莱幸运的是，他那天并没有去实验室，警方说那是一起意外，但是伊莱心里清楚，那是乔瑟夫逼他们继续研究的，