神盾局这些年毕竟经历了不少的冲击，在杰弗里·梅斯执掌之后，虽然看上去还算是平稳，但实际上却是在每况愈下，从尼克·弗瑞时期，到科尔森时期，再到杰弗里·梅斯时期，神盾局对内对外的掌控力，每一次的变革，每一次都在急剧的下滑，到了现在，他们甚至连自家局长的安全都保护不了了！
自从上一次凌霄和神盾局的合作结束之后，神盾局的工作重心就转移到了两件事情上，一件是清空智能机器人艾达的硬盘，一件就是纳迪尔参议员涉嫌扣押一名异人的事件。
虽然说在前不久，纳迪尔参议员利用神盾局协同斯凯和罗比·雷耶斯大闹监狱为由，逼迫杰弗里·梅斯不得不派出西蒙斯帮她拯救一名异人，但是杰弗里·梅斯的应对也很快，他很快就同白宫中的一些强力人物达成共识，促成了神盾局和星际移民局的合作，从而解决了纳迪尔参议员的威胁。
威胁既然已经解除，那么之前他所受到的威胁逼迫，自然要报复回来，虽然说，那名刚刚变异的异人是纳迪尔参议员的弟弟，但他毕竟是一名超能力者，而根据做索科维亚监管协议，那名异人必须要在神盾局进行登记注册，否则的话，他和纳迪尔参议员都将受到美国政府的通缉。
这件事杰弗里·梅斯亲自前往处置，同时他也邀请了斯凯共同参与，作为神盾局和星际移民局合作的第一件案例，协助他们两人的正是西蒙斯，而从梅斯的言谈举止当中，他多少有些示威的意思。
梅斯处理纳迪尔参议员的事情，而另外一件事情，他却交给了科尔森来负责，而这件事情更加的棘手。
艾达的确是一名智能机器人，如果仅仅是如此的话，神盾局只要加强管控，就可以了，然而为了应对层出不穷的威胁，杰弗里·梅斯不知道是头脑发晕还是怎么回事，竟然让艾达阅读了黑暗神书。
或许他们是在实验黑暗神书的威力，或许是迫于凌霄和伊莱·莫洛的威胁，或许是已经提前考虑好了要销毁艾达，所以杰弗里·梅斯便让艾达阅读了黑暗神书，当然，这件事很可能科尔森也是同意了的。
不过在见识到伊莱·莫洛几乎拥有核武器一样的威胁之后，杰弗里·梅斯对此非常后悔，回来之后便立刻招集人手，商议清空艾达所有内存和硬盘的事情，实际上也就等同于将这个智能生命给直接摧毁。
对于这件事情，拉德克里夫博士虽然有些不满，但最终却也只能无奈的进行配合。
科尔森亲自监督，梅琳达，拉德克里夫博士，还有菲兹负责执行，这件事情，拉德克里夫博士亲自拍着胸脯作下了保证，当初在让艾达阅读黑暗神书之前，拉德克里夫博士就已经在她的系统程序内设置了多重的管理程序，只要他按下控制按钮，艾达就只有乖乖接受被清空一切数据的命运。
然而他失败了，当拉德克里夫博士按下按钮之后，艾达突然抬起头，一脸冷意的看向了拉德克里夫博士，她知道他想要做什么，但她不能任由任何人终结自己的性命。
如果以前只是一个普通的智能程序，那么在阅读了黑暗神书之后，艾达拥有了属于自己的灵魂。
接下来的事情自然很容易就猜得到，拥有了自我灵魂的艾达直接逃出了神盾局的围捕，不知所踪。
神盾局方面损失惨重，拉德克里夫博士和菲兹都被打晕了过去，而除了梅琳达，其他的几名神盾局特工全部都被艾达毫不留情的击杀，然后逃之夭夭。
就在梅琳达和拉德克利夫博士，还有菲兹回到神盾局的时候，艾达却突然入侵了神盾局的电脑程序，并且亲自打电话给科尔森，要求他主动交出黑暗神书，否则的话她就自己去取，那样的话，一旦造成神盾局的人员损伤，一切责任都要归到科尔森的头上。
科尔森当然不会因为艾达的小小威胁就把黑暗神书交出去，他也是经过了大风大浪的，当然知道一旦艾达拥有了黑暗神书，所可能造成的威胁，而且他也有足够的信心摧毁进犯神盾局的艾达。
艾达的确拥有不逊色于人类的智能，甚至还要更强，但是智能并不等同于智慧，在阴谋算计方面，艾达远远不如科尔森，尽管最后艾达的确在梅斯的办公室里找到里黑暗神书，但是她本人也被早就埋伏好的阿方索·麦肯锡一刀枭首，直接被毁掉了。
科尔森这边虽然有些波折，但最后却还是成功的完成了任务，然而杰弗里·梅斯方面，他们才算是遇到了真正的大麻烦，那名异人，他再将神盾局挡住之后，最终选择的和自己的姐姐一起走。
梅斯他们通过种种手段，最终锁定了纳迪尔参议员的位置，然而他们赶到的时候，却发现纳迪尔参议员正在试图杀死自己的弟弟，而站在她身边的赫然正是对变异人深恶痛绝的监察者的成员。
然而不管是监察者，还是纳迪尔参议员，他们都失败了，因为这名名叫维杰·纳迪尔的异人拥有超强的神经反应速度，甚至能在别人开枪之前，及时躲掉射来的子弹。