董作宾于1948年底携家随史语所迁台后，继续从事甲骨文研究并兼任台大考古人类学系教授。傅斯年去世后，由董作宾接掌史语所所长一职。董氏上任后，仍像当年在李庄一样领导群贤闷头做自己分内的研究工作，对岛内的政治争斗与海峡两岸发生的政治事件并无兴趣。按董的说法，个人的存在和力量非常渺小，如原清华教授浦薛凤尝谓的“太虚空里一游尘”，或谓沧海一粟，特别是作为知识分子，还是埋头做点自己力所能及的实事为好。只是树欲静而风不止，董作宾欲躲在孤岛一角喝着南瓜盐煮稀饭做点乌龟壳的研究，但大海那边却又掀起狂风暴雨，有人趁机兴风作浪，向困厄于孤岛的董作宾等人袭来。
自1950年始，逐渐稳住阵脚的中共政权，出于一种政治需要，在掀起批判胡适运动的同时，号令留在大陆的一切人等，不论是工农学商兵，还是与国民党有过瓜葛的旧官员与已没有自由可言的原自由知识分子，都要接受马克思唯物主义辩证法的理论教育和马克思主义为主导的社会发展史，即从猿到人、劳动创造人等新式理论。这个新式理论，具体分为原始社会——奴隶社会——封建社会——资本主义社会——社会主义社会等五大社会发展阶段。每个在大陆地区红旗下讨生活的人，必须坚信这个社会发展演变模式，同时还必须要坚信“资本主义一天天烂下去，社会主义一天天好起来”这一不可置疑的、放之四海而皆准的历史发展规律。对这一规律是否信服，成为检验“谁是我们的敌人，谁是我们的朋友”的“分水岭和试金石”。——在这样一种社会政治风云鼓荡下，新成立不久的中国科学院，特别是下属研究人文历史科学的考古研究所，自然要站在时代大潮的前列，为这个发展规律推波助澜，使之一浪高过一浪，直至达到“无限风光在险峰”的奇效。
于是，在1951年那个乍暖还寒的春天里，中国科学院考古研究所领导层，开始组织新老员工利用大块时间蹲在会议室开会，除批判胡适的言论，便是集体学习社会发展史，特别是郭沫若的《中国古代社会研究》一书，成为政治学习的文件。在不断深入学习讨论中，郭沫若的这部著作被誉为“我国马克思主义史学的开山之作”，作者也被加封为“在马克思主义指导下研究中国古代社会、中国古代史而作出了创造性贡献的第一人”。按照郭氏以唯物史观弄出的古史体系，其结论为：
商代是金石并用的时代。那时候已经有了文字，但在形成途中，所以左右行不能确定，每个字可以正写反写，一个字也可以有几十种写ib.法；生产以畜物为主，农业刚刚开始；社会形态是原始共产制氏族社会，以母系为中心，所以有“兄终弟及”、“先妣持祭”、“多父”、“多母”的制度。商代才是中国历史的真正起头。西周是由氏族社会转移到奴隶社会；春秋以后，又转入了封建制度；最近百年为资本制。与此相应的 中国有三次社会革命。第一次奴隶制革命在殷周之际；第二次封建制革命在周秦之际；第三次资本制革命在清代末年。
据考古所当时参加的年轻研究人员石兴邦说“大家讨论得很热烈，郭宝钧也参加讨论，写了一篇介绍殷墟人殉惨状的文章。这是说明殷代阶级压迫残酷性的好材料，在报上发表，引起学界的震惊和重视。可是他在文末写了两句很不合时宜的话‘事实至于遗存，推断敬俟卓识’。意思是说，我只是报道事实，至于它的历史含义，还请高明的人来论断吧。这篇报道郭沫若先生看到后，如获至宝，因为是说明奴隶社会最有说服力的材料，却对文末的两句结语作了严厉的批评。说他是抱着金饭碗讨饭吃。郭老对此批评很不满意。其后，在思想改造的会议上，不无怨尤地说了几次。从他的言谈之间，可以体会到，他对殉人的历史含义，不一定看做是奴隶社会的证迹，对社会发展阶段上的种种论述和新事物，在他思想上还没有准备，这与他过去在中央研究院史语所的整个学术气氛和环境以及受到的影响是相联系的。”
早在1945年，郭沫若于重庆出版他的史学大作《十批判书》时（南按：即“文革”时期毛泽东警告郭“劝君少骂秦始皇，十批不是好文章”之《十批》），曾在后记中写道：“在科学方法之外，我也接近了近代的文学、哲学和社会科学。尤其辩证唯物论给了我精神上的启蒙，我从学习着使用这个钥匙，才认真把人生和学问上的无门关参破了。我才真明白了做人和做学问的意义。”又说：“我比较胆大，对于新史学阵营里的多数朋友每每提出了相反的意见。我坚持着殷、周是奴隶社会，重新提出了更多的证据和说明。”——这个时候的郭沫若尚能对不同意见有所容忍并设法重新提出更多的证据和说明，以表示自己的谦虚和创造的学说并非铁板一块，牢不可破。而对傅斯年、李济、董作宾等史语所人员也颇为尊重。抗战胜利后，在史语所大队人马复员之前，傅斯年、李济等几位大腕因经常到南京洽公，顺便在中央研究院史语所修理完工的房子里小住。就在这个短暂的历史空隙，作为国共之外的第三方代表应邀到南京举行促进国共和谈座谈会的郭沫若，来到了史语所